Πολλά βακτηριακά είδη είναι παθογόνα και έχουν συνδεθεί με ασθένειες στον άνθρωπο και στα ζώα και λιγότερο στα φυτά. Αρκετά διαβρώνουν υποστρώματα, όπως μάρμαρα, προκαλώντας συχνά σημαντικές φθορές σε μνημεία τέχνης (π.χ. Thiobacillus). Οι επιδράσεις των βακτηρίων δεν είναι πάντα βλαβερές. Υπάρχουν είδη με πολύ σημαντική προσφορά στην ανακύκλωση των βιοστοιχείων της γης και βακτηριακά είδη που χρησιμοποιούνται σε πολύπλευρες ανθρώπινες δραστηριότητες.
Επιγραμματικά θα μπορούσε να αναφερθεί η συνεισφορά των φωτοσυνθετικών βακτηρίων στην παραγωγή οξυγόνου, που είναι αναγκαίο για την αναπνοή των οργανισμών στα υδάτινα οικοσυστήματα, αλλά και στην παραγωγή διοξειδίου του άνθρακα, που είναι ίση περίπου με την ποσότητα που χρειάζονται τα φυτά για τη φωτοσύνθεση. Επιπλέον, υπάρχουν βακτήρια που δεσμεύουν το ατμοσφαιρικό άζωτο και το μετατρέπουν σε αμμωνία και τελικά την αμμωνία σε νιτρικά και νιτρώδη ιόντα, που μπορούν τα χρησιμοποιηθούν από τα φυτά. Σημαντικά είναι τα βακτήρια που οξειδώνουν ενώσεις του θείου και του σιδήρου.
Γενικά μπορούμε να πούμε ότι τα βακτήρια αποικοδομούν κάθε είδους οργανικό υπόστρωμα, από όλους τους υδατάνθρακες έως τα προϊόντα του πετρελαίου. Έτσι, ευεργετική για τα ζώα είναι η διάσπαση της κυτταρίνης από συμβιωτικά βακτήρια στο στομάχι των μηρυκαστικών και χρήσιμη για τον άνθρωπο η μικροβιολογική μετατροπή του πετρελαίου και η αφομοίωση του μεθανίου. Η χρησιμοποίηση των βακτηριακών στελεχών για την αποικοδόμηση των αποβλήτων στις μονάδες βιολογικού καθαρισμού και για την παραγωγή διαφόρων ενζύμων, όπως πρωτεάσες, αμυλάσες, κλπ, αποτελούν σημαντικότατο πεδίο εφαρμογών, στη βελτίωση του περιβάλλοντος, στη παραγωγή ενέργειας (μεθανίου) και μικροβιακής πρωτεΐνης, που χρησιμοποιείται για ζωοτροφή, καθώς και στη παρασκευή απορρυπαντικών με ένζυμα.
Η προσφορά των βακτηριακών στελεχών στη φαρμακευτική βιομηχανία είναι ανεκτίμητη αφού χρησιμοποιούνται στη παρασκευή φαρμάκων. Πρέπει να σημειωθεί ότι το 5 % των αντιβιοτικών παράγεται από βακτήρια του γένους Bacillus (μπασιτρακίνη, πολυμυξίνη), ενώ το 75% παράγεται από βακτήρια του γένους Streptomyces (ακτινομυκίνη, ερυθρομυκίνη, στρεπτομυκίνη, χλωραμφαινικόλη, κ.ά.) και λιγότερο από τα γένη Nocardia. Άλλα βακτήρια παράγουν αμινοξέα και βιταμίνες.
Στη μικροβιολογική παραγωγή τροφών η συμμετοχή των βακτηριακών στελεχών είναι καθοριστική. Η ζύμωση του γάλακτος πραγματοποιείται από τα γαλακτικά βακτήρια, που μετατρέπουν την λακτόζη σε γαλακτικό οξύ. Από τα πολυάριθμα γαλακτοκομικά προϊόντα μπορούμε να αναφέρουμε τα βουτυρόγαλα, ξινόγαλο, διάφορα τυριά, γιαούρτι. Η ίδια γαλακτική ζύμωση παρατηρείται στην παρασκευή κρασιού (μηλογαλακτική ζύμωση), τουρσιού και πράσινων ελιών. Τέλος τα βακτήρια του οξικού οξέος, που μετατρέπουν την αιθανόλη σε οξικό οξύ και ευθύνονται για το ξίνισμα του κρασιού χρησιμοποιούνται για την παραγωγή ξυδιού.
Επιπλέον, πρέπει να αναφερθούμε στο θετικό ρόλο της φυσιολογικής χλωρίδας του ανθρωπίνου σώματος για τη διατήρηση της καλής υγείας και της φυσιολογικής λειτουργίας. Τα μέλη της φυσιολογικής χλωρίδας ζουν στις εσωτερικές και εξωτερικές επιφάνειες του ανθρωπίνου σώματος και γενικά εμποδίζουν την εγκατάσταση παθογόνων μικροοργανισμών. Ορισμένα βακτηριακά στελέχη του εντέρου συνθέτουν τις βιταμίνες Κ και Β12 και βοηθούν στην απορρόφηση των τροφών.
